重点实验室将建立“开放、流动、联合、竞争”的运行机制，努力创造良好的科研环境和实验条件，吸引和聚集国内外优秀的研究人才，在胚胎源性疾病研究方面开展高水平的基础及临床转化研究，培养造就高层次的教育与科技人才，办成具有国际水平的胚胎源性疾病研究中心和高层次人才培养基地。实验室依托上海交通大学医学院附属国际和平妇幼保健院自主管理。在上海市科委、上海交通大学的统一领导下，实行实验室主任负责制和任期制，统一管理实验室研究工作，组织重大研究项目和科研攻关。实验室主任将配备副主任协助主任开展工作。实验室通过相应建立的学术委员会和管理办公室运行和管理。学术委员会作为最高管理、决策和各项政策制定机构和学术咨询机构，审议研究方向和目标。管理办公室作为各项事务具体执行部门，保障科研仪器的高效运转和开放共享、以及实验室日常运行。

        实验室实行与国际接轨的人员聘用、流动及业务管理制度，即实验室主任领导下的项目首席科学家（PI）业务管理负责制和相应的人事和分配激励制度。实验室将建立以PI领导的项目研究小组为基本研究单元的创新平台，由PI实施项目具体的业务管理。同时建立与之配套的学科负责人相对稳定、项目PI聘任和研究人员准入的人事管理制度。根据实验室管理原则和建设目标，结合开放课题基金项目的设置，对进入重点实验室的研究小组、研究项目和研究人员，实施基于高度开放和流动的人员资格审查、公平竞争和择优准入制度。实验室学术委员会对申请进入实验室开展工作的单位、项目和研究人员的研究基础、水平、项目情况、经费情况、发展前景，结合实验室发展需要进行综合评估，通过公平竞争，择优准入。凡进入实验室工作的研究小组、人员、项目，将在实验场地、公用设备等方面给予支持。通过各项举措，促进实验室的开放、合作、利用效率及学术辐射面，提高研究水平和转化能力。